Edward Scissorhands

En 1990, Burton redactó, junto a Caroline Thompson, el guión de su siguiente largometraje, bajo el título de Edward Scissorhands, que sería interpretado por el ídolo juvenil de esa década, Johnny Depp, quien había sido elegido para el rol protagonista de Edward, un personaje creado por un excéntrico inventor (interpretado por Vincent Price, en la que fuera su última actuación antes de fallecer). De acuerdo al argumento, Edward parecía humano, pero de manera peculiar, no había sido terminado totalmente por su creador al morir éste de manera repentina, dejando a su creación con unas visibles tijeras en lugar de manos. Ubicada en los suburbios —se filmó en Florida—, la película es considerada como la autobiografía de Burton, centrada en su infancia dentro de los suburbios en California. Price alguna vez comentó, en vida, que «"Tim es Edward"» . Aunado a esta declaración, se encontraba el comentario de Johnny Depp —redactado posteriormente en el prólogo del libro de Mark Salisbury, Burton on Burton—, refiriéndose a su primer encuentro con el cineasta para el filme.
Edward Scissorhands, traducida al español como El joven manos de tijeras en Hispanoamérica y como Eduardo Manostijeras en España, es considerada como la mejor película de Burton por numerosos fanáticos y críticos, al presentar una estética muy característica del cineasta relacionada con diferentes composiciones visuales, llevadas al mayor límite —tanto en las escenas como en los colores y texturas, así como los diseños de los lugares, personajes y objetos—, representando su particular recepción visionaria del romanticismo más inocente a través del argumento en donde un joven no conoce el amor en ninguna de sus derivaciones, y siendo finalmente tal el sentimiento ejercido que resulta en una historia emotiva y entrañable.
Batman Returns

Aunque Warner Bros había rechazado producir el último filme de Burton (Edward Scissorhands aún después del éxito de Batman), Burton finalmente accedió a dirigir la secuela de la franquicia, con la condición que tuviera total control creativo en el largometraje, titulado finalmente bajo el nombre de Batman Returns e interpretado por un reparto integrado por los actores Michael Keaton —nuevamente en el rol protagonista como Batman—, Danny DeVito —como El Pingüino—, Michelle Pfeiffer —como Catwoman—, y Christopher Walken. Aún más gótica y personal que su predecesora, la película recibió quejas bajo el pretexto de que su contenido era muy fuerte para la audiencia infantil, que aunado a la insatisfacción de las restantes audiencias con la sexualidad explícita —personificada por el sugestivo y fetichista estilo del disfraz de Catwoman—, provocó nuevamente criticas negativas y controversia suscitada por dichos aspectos, principalmente. A pesar de ello, Batman Returns -conocida como Batman Regresa y Batman Vuelve en Latinoamérica y España, respectivamente -, recaudó alrededor de $160 millones de dólares que, a pesar de ser un éxito, fue mucho menos de lo que se esperaba por parte de los productores.
Burton comenzó a preparar la preproducción del próximo filme dentro de la misma franquicia, sin embargo Warner Bros prescindió de la nueva colaboración del cineasta, al percatarse de que el tono de la película sería similar a Batman Returns. De esta manera, Burton dejó, de forma definitiva en su trayectoria futura, la franquicia de Batman, para dar comienzo a la producción de su próximo largometraje, esta vez en formato animado.
The Nightmare Before Christmas
Originalmente, Burton tenía pensado redactar e ilustrar un libro con tendencias poéticas (rimas, versos, poemas,..) y personajes animados para el entretenimiento de las audiencias más pequeñas. Sin embargo, en 1993 terminó produciendo un nuevo largometraje —el cual no pudo dirigir por su colaboración dentro de la franquicia de Batman—, cuyo argumento gira en torno al rey de la ciudad de Halloween y sus intenciones por convertirse en un benévolo Santa Claus. Conocida por sus traducciones El extraño mundo de Jack y Pesadilla antes de Navidad en sus doblajes para América Latina y España, el filme The Nightmare Before Christmas —dirigido por Henry Selick y basado enteramente en la historia y los personajes de Burton— fue prácticamente bien recibido por las audiencias, llegando al grado actual de considerarse una película de culto.
Ed Wood
Su siguiente película, estrenada en 1994, retrató la vida de Ed Wood Jr, un realizador que ha sido considerado como "el peor director de la historia". Fue protagonizada por Johnny Depp, siendo a la vez una obra biográfica en homenaje al director de películas de horror y ciencia ficción de bajo presupuesto que Burton veía cuando era niño. Ed Wood Jr. era reconocido por sus obras acartonadas, acompañadas de malas actuaciones y torpes personajes que chocaban contra los decorados tirándolos, siendo su temática de base el género de la ciencia ficción y el terror. A pesar de ello, Burton consideraba que Wood era un director similar a Orson Welles, ideal que mantiene en el largometraje —filmado en blanco y negro e interpretada por Martin Landau destacando en una soberbia interpretación, quizá de las mejores de esa década, Bill Murray y Lisa Marie—, considerado por numerosas personas como uno de los mejores trabajos que ha hecho el cineasta.
Debido a las frecuentes colaboraciones del cineasta durante la realización de The Nightmare Before Christmas, Danny Elfman no quiso musicalizar Ed Wood, por lo que recayó en Howard Shore su participación al integrar las melodías del filme —que, aun cuando fue un fracaso comercial en el momento de su estreno, fue bien recibida por los críticos ganando también admiradores y reviviendo el interés en las películas de Ed Wood Jr—.
Batman Forever

A pesar de su intención de todavía dirigir la franquicia de Batman, Warner Bros consideró que Batman Returns fue demasiado oscura y no apta para menores de edad. Para atraer al público infantil se decidió que Joel Schumacher dirigiría la tercera parte siendo un experto en videos de música pop mientras que Burton sólo la produciría en conjunto con Peter McGreggor-Scott. Tras este cambio Michael Keaton renunció al rol siendo sucedido por Val Kilmer. El rodaje se inició a finales de 1994 ahora contando con nuevos y reconocidos actores : Tommy Lee Jones, Nicole Kidman, Chris O'Donnell y Jim Carrey. La película ahora siendo una mezcla de la oscuridad que caracterizó a la saga con colores y letreros de neón propuestos por Schumacher tuvo un enorme éxito en taquilla de 336 millones de dólares a pesar de la polémica producida por los personajes y la trama. Aun siendo productor, Burton entraba en conflicto con Schumacher sobre todo en el rodaje de varias escenas las cuales fueron eliminadas de la edición final (más tarde puestas como escenas eliminadas en su edición en DVD en 2005). Schumacher consideraba que si se incluían en la edición final el resultado seria igual a su predecesora. Cuando Schumacher fue recontratado para dirigir Batman & Robin se decidió despedir a Burton, creyendo ingenuamente que este filme tendría más éxito.
Mars Attacks!

Inmerso en la iconografía kitsch de los años 50, el siguiente proyecto de Burton fue Mars Attacks!, para el cual se reunió nuevamente con Elfman. Basada en una serie de cartas de ciencia ficción, la cinta era un híbrido de las películas de fantasía de la década de los años 50 y de las de desastre total de los años 1970. La coincidencia la hizo una parodia no intencionada del éxito de taquilla, Independence Day, filmada al mismo tiempo y estrenada cinco meses antes, y aunque contaba con un amplio elenco estelar —incluyendo a Jack Nicholson, Pierce Brosnan, Michael J. Fox, Sarah Jessica Parker, Natalie Portman, Jack Black, Danny DeVito, Tom Jones, Glenn Close y Christina Applegate—, fue despreciada por los críticos y casi ignorada por la audiencia norteamericana. Sin embargo, la recreación de una mala película de los años 1950 fue recibida con éxito en el extranjero, y ha logrado hacerse de una base de admiradores gracias a la emisión por televisión y su venta comercial en DVD.
Sleepy Hollow: La leyenda del Jinete sin Cabeza
Sleepy Hollow fue estrenada en 1999 con un escenario supernatural, sets únicos y una nueva actuación de Johnny Depp encarnando a un detective interesado en la ciencia forense, basándose en la historia redactada por Washington Irving. El elenco restante para el filme estuvo conformado por Ian McDiarmid, Miranda Richardson, Christopher Walken y Christina Ricci —elegida para el papel de Katrina Van Tassel—. Bien recibida por los críticos y con mención especial a la musicalización acompañada de una fotografía impecable a cargo de Emmanuel Lubezki, Sleepy Hollow ganó un premio Oscar por mejor dirección artística, así como dos galardones BAFTA por mejor diseño de vestuario y mejor diseño de producción.
Acompañado de un cambio en su vida personal —se separó de Lisa Marie—, Burton cambió radicalmente de estilo en su siguiente proyecto, dejando los bosques encantados y coloridos extraños para dirigir El Planeta de los Simios que, como Burton alguna vez dijo, no es un remake del filme original, estrenado en 1968 y dirigido por Franklin Schaffner.